O. Jan Kowalski SJ urodził się 16 maja 1936 r. w Zawadach k. Sierpca.
Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił 30 lipca 1952 r. w Starej Wsi, a po dwuletnim nowicjacie złożył pierwsze śluby 31 lipca 1954 r. w Starej Wsi, które przyjął o. Jan Dorda SJ, rektor Kolegium starowiejskiego.
Po uzyskaniu matury w 1956 r. studiował filozofię w Krakowie (1956-59), a potem teologię w Warszawie na Bobolanum (1959-63).
Święcenia prezbiteratu otrzymał 5 sierpnia 1962 r. w Warszawie z rąk ks. Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Trzecią probację odbył w Czechowicach-Dziedzicach pod kierunkiem o. Edwarda Bulandy SJ (1964-65). Ostatnie śluby złożył 15 sierpnia 1966 r. we Wrocławiu, które przyjął o. Prowincjał Antoni Kuśmierz SJ.
O. Jan Kowalski SJ pierwszą pracę duszpasterską po święceniach podjął w Kłodzku (1963-64). Po trzeciej probacji pracował w Nowym Sączu, najpierw na ul. Zygmuntowskiej jako wikariusz i katecheta (1965-70) oraz z podobną posługą na ul. Skargi (1970-71). Następnie powrócił do Kłodzka gdzie był katechetą (1971-77). Później został skierowany do Wrocławia jako operariusz i katecheta na ul. Alei Pracy (1977-79) oraz na ul. Nankiera (1979-1986). Potem trafił do Zakopanego (1986-91) gdzie był operariuszem i pomocnikiem kapelana szpitala oraz od 1990 r. ministrem wspólnoty. Ponownie trafił do Nowego Sącza na ul. Skargi jako wikariusz (1991-99) oraz operariusz i pomocnik kapelana Domu Opieki (1999-2001). W 2001 r. przybył do infirmerii w Kolegium krakowskim, posługując jako operariusz do 2012 r., oraz duchowny domu i admonitor w latach 2006-2008.
O. Jan Kowalski SJ był gorliwym duszpasterzem i życzliwym kapłanem, mającym biegłość w sprawach kancelaryjnych. Zmarł 30 stycznia 2022 r. w szpitalu w Krakowie.
